Menurut sejarawan Muslim, sebuah kota yang ditaklukkan tanpa sebarang tentangan daripada penduduknya, maka pasukan Muslim memperbolehkan penduduk untuk tetap mempergunakan gereja dan sinagog (kuil Yahudi) mereka. Tetapi, ada beberapa gereja dan sinagog yang beralih fungsi menjadi sebuah masjid dengan persetujuan daripada tokoh agama setempat. Contohnya ialah perubahan fungsi Masjid Umayyah, yang mana khalifah Bani Umayyah, Abdul Malik mengambil gereja Santo Yohannes pada tahun 705 daripada umat Kristian. Kesultanan Uthmaniyah juga melakukan alih fungsi terhadap beberapa gereja, biara dan kapel di Istanbul, termasuk gereja terbesar Ayasofya yang dirubah menjadi masjid, setelah kejatuhan kota Konstantinopel pada tahun 1453 oleh Muhammad al-Fatih. Beberapa masjid lainnya juga didirikan di daerah suci milik Yahudi dan Kristian, seperti di Jerusalem. Penguasa Muslim di India juga membangunkan masjid hanya untuk memenuhi tugas mereka di bidang agama.

Sebaliknya, masjid juga dialihfungsikan menjadi tempat ibadah yang lain, seperti gereja. Hal ini dilakukan oleh umat Kristian di Sepanyol yang merubah fungsi masjid di selatan Sepanyol menjadi katedral, mengikuti keruntuhan kekuasaan Bani Umayyah di selatan Sepanyol. Masjid Agung Kordoba sekarang dialihfungsikan menjadi sebuah gereja. Beberapa masjid di kawasan Semenanjung Iberia, Eropah Selatan dan India juga dialihfungsikan menjadi gereja atau pura setelah kekuasaan Islam tidak berkuasa lagi.